No dia 23 de maio de 1941, a família de Severiano Neves, acompanhada por outras famílias, incluindo a de Leocadio Francisco de Sousa, chegou às margens do rio Araguaia, em território mato-grossense. Vindos do estado do Pará, buscavam novas oportunidades e um futuro promissor. Foi nesse contexto que se iniciou um novo assentamento, localizado próximo a Santa Izabel do Morro, antiga terra dos índios carajás, povo que habitava a região do rio Araguaia e da Ilha do Bananal há milênios.

O nome São Félix foi escolhido pelo bispo D. Sebastião Thomaz Câmara em 20 de novembro de 1942. A inspiração para essa invocação surgiu das dificuldades enfrentadas pelos colonizadores na ocupação de uma região já habitada por diversas nações indígenas. Acreditava-se que São Félix os protegeria dos índios xavantes, que resistiam à presença dos recém-chegados e realizavam incursões contra o novo povoado, buscando defender suas terras.

Na margem direita do rio Araguaia, os indígenas carajás levavam uma vida pacífica. Com o deslocamento dos xavantes para o sul, a partir de 1945, o cenário tornou-se mais tranquilo para os colonos.

São Félix sempre atraiu figuras importantes da história brasileira, encantadas com a beleza natural da região. Muitas caravanas faziam parada ali durante longas viagens pelo rio Araguaia. Entre os visitantes ilustres, destacam-se Getúlio Vargas, Juscelino Kubitschek, Couto Magalhães e Carmo Bernardes.

Juscelino Kubitschek foi um grande apreciador do Araguaia e de São Félix. Já em 1942, Getúlio Vargas ordenou a construção de uma base militar da FAB na ilha. Anos mais tarde, Juscelino ergueu um hotel luxuoso para receber personalidades, conhecido como Hotel JK. Embora atualmente esteja em ruínas, ainda é símbolo de uma época de grande entusiasmo e otimismo.

A criação oficial do distrito de São Félix ocorreu em 25 de outubro de 1948, por meio da lei nº 163, vinculando-o ao município de Barra do Garças. Em 1963, uma proposta de emancipação foi apresentada, mas acabou vetada pelo governo estadual. Somente em 13 de maio de 1976, através da lei estadual nº 3689, São Félix do Araguaia conquistou seu status de município.

O primeiro prefeito foi Aldenor Milhomem da Cunha, seguido por José Pontim, José Antônio de Almeida (Baú), Miguel Milhomem, Uslei Gomes, João Abreu Luz, Filemon Limoeiro e novamente José Antônio de Almeida. Atualmente, a administração municipal está sob a liderança do Dr. Acácio Alves.